Hola Vanessa, sí es procedente dar de baja a los empleados que por situaciones de permisos no se encuentran laborando o activos en la empresa, de acuerdo a lo indicado en este Artículo:
Ley del IMSS
Artículo 31. Cuando por ausencias del trabajador a sus labores no se paguen salarios, pero subsista
la relación laboral, la cotización mensual se ajustará a las reglas siguientes:
I. Si las ausencias del trabajador son por períodos menores de ocho días consecutivos o
interrumpidos, se cotizará y pagará por dichos períodos únicamente en el seguro de enfermedades y
maternidad. En estos casos los patrones deberán presentar la aclaración correspondiente, indicando que
se trata de cuotas omitidas por ausentismo y comprobarán la falta de pago de salarios respectivos,
mediante la exhibición de las listas de raya o de las nóminas correspondientes. Para este efecto el
número de días de cada mes se obtendrá restando del total de días que contenga el período de cuotas
de que se trate, el número de ausencias sin pago de salario correspondiente al mismo período.
Si las ausencias del trabajador son por períodos de ocho días consecutivos o mayores, el patrón
quedará liberado del pago de las cuotas obrero patronales, siempre y cuando proceda en los términos del
artículo 37;
Fracción reformada DOF 20-12-2001
II. En los casos de las fracciones II y III del artículo 30, se seguirán las mismas reglas de la fracción
anterior;
III. En el caso de ausencias de trabajadores comprendidos en la fracción III del artículo 29, cualquiera
que sea la naturaleza del salario que perciban, el reglamento determinará lo procedente conforme al
criterio sustentado en las bases anteriores, y
IV. Tratándose de ausencias amparadas por incapacidades médicas expedidas por el Instituto no será
obligatorio cubrir las cuotas obrero patronales, excepto por lo que se refiere al ramo de retiro.
Artículo 37. En tanto el patrón no presente al Instituto el aviso de baja del trabajador, subsistirá su
obligación de cubrir las cuotas obrero patronales respectivas; sin embargo, si se comprueba que dicho
trabajador fue inscrito por otro patrón, el Instituto devolverá al patrón omiso, a su solicitud, el importe de
las cuotas obrero patronales pagadas en exceso, a partir de la fecha de la nueva alta.
Apegándose a estas indicaciones, cumples con la Ley del IMSS, quedando a cargo del trabajador los servicios médicos que pudiera llegar a necesitar durante la vigencia del permiso, en caso de alguna enfermedad o accidente
Saludos.
